Tinatalakay sa papel ang mga pamamaraan ng pananaliksik sa Sikolohiyang Pilipino. Hinango sa karaniwang karanasan ang mga metodong hawig sa interbyu at naratibo ang mga pamamaraang pagtatanong-tanong at pakikipagkuwentuhan. Isinakatutubo ang mga metodong ito upang maibagay at maiangkop sa kalikasan ng wika sa pananaliksik. Ang pakikipagkapwa ang lapit ng pananaliksik na ang kiling ay ang kapakanan ng mga kalahok. May paki sa mga metodo ng pananaliksik na nakaugat sa kulturang Pilipino. Samantalang nakatuon ang pansin ng mananaliksik sa pag-aayos at pagsisinop ng kaalamang kinakalap mula sa katutubong karanasan, ang isinasaalang-alang sa parati ay ang pakikipagpalagayang-loob kundi man abutin ang pakikiisang-loob sa mga kalahok. Siyentipiko ang pamamaraang Sikolohiyang Pilipino sa pananaliksik sa mga larangan ng mga agham panlipunan sapagkat sistematiko ang pagsasagawa nito. Ito ay upang matunghayan ng ibang iskolar sa parehong penomeno ang pagkamakatotohanan ng natutuklasan sakaling sadyaing ulitin ang pag-aaral sa ibang grupo ng kalahok o sitwasyong kinapapalooban ng mga ito.